BigWig er et filformat til visning af tætte, kontinuerlige data i et genombrowserspor, oprettet ved konvertering fra Wiggle-format (WIG). BigWig-formatet er beskrevet på UCSC Genome Bioinformatics-websted, og Broad Institute-filformatguiden giver yderligere oplysninger.
Hvad er bigWig-format?
BigWig-formatet er til visning af tætte, kontinuerlige data, der vil blive vist som en graf BigWig-filer oprettes oprindeligt fra WIG-typefiler ved hjælp af UCSC-programmet wigToBigWig. Alternativt kan bigWig-filer oprettes fra bedGraph-filer ved hjælp af UCSC-programmet bedGraphToBigWig.
Hvordan bruger jeg bigWig-fil?
Flyt den nyoprettede bigWig-fil (myBigWig.bw) til en web-tilgængelig http, https eller ftp-placering. Indsæt URL'en i den tilpassede sporindtastningsformular, eller konstruer et brugerdefineret spor ved hjælp af en enkelt sporlinje. Indsæt den tilpassede sporlinje i tekstfeltet på siden til administration af tilpasset spor.
Hvad er et bigWig-spor?
bigWig-spor er spor til kontinuerlige signaler på tværs af hele genomet. De er velegnede til at vise forskellige "rå" eksperimentresultater såsom ChIP-Seq-signaler, RNA-Seq-signaler osv.
Hvordan opretter jeg en bigWig-fil?
Der er flere måder at generere bigwig-filer på. Dette involverer norm alt konvertering af en. bam-fil til et wiggle-spor (. paryk) og derefter konvertere wiggle-sporet til en binær bigwig (.
